Investigația MRI de coloană vertebrală se face raportat la cele trei segmente anatomice ale coloanei(coloana cervicală, toracală și lombo-sacrată) cu posibilitatea extensiei zonei de investigate în segmente alăturate, în funcție de necesități. Este indicată în aprecierea anatomiei coloanei vertebrale, a măduvei spinării, a nervilor spinali și în vizualizarea variantelor anatomice a lor și, de asemenea, în evidențierea în scop diagnostic sau preoperator a modificărilor de curbură, de exemplu scolioza congenitală sau idiopatică (apărută în adolescență).
Investighează țesuturile patologice ale coloanei și are un rol major în in efectuarea bilanțului pre și postoperator , în ghidarea infiltrațiilor cu corticosteroizi cu scop analgetic (pentru dureri). Este metoda cea mai bună în diagnosticarea patologiei discurilor intervertebrale (protruzii, degenerescente, hernia de disc, evaluarea articulațiilor intervertebrale care sunt cauze frecvente de dureri lombare joase si ale nervului sciatic.
Datorită detaliilor de acuratețe pe care le conferă, este metoda care stabilește cel mai clar diagnosticul de inflamație și compresiune nervoasă, în evidențierea cauzelor posibile ale durerilor de spate (inclusiv post-fracturi cu compresiune medulară), în aprecierea extensiei și gravității infecțiilor, a tumorilor care au punctul de plecare din măduva spinării sau care s-au extins spre măduva spinării.

Acest tip de investigații poate fi aplicat pentru:

• genunchi
• glezna
• umar
• cot
• radio-carp
• mana
• sold
• pelvis

Investigație preponderent folosită cu maximum de specificitate și sensibilitate în decelarea patologiei degenerative (artroze), inflamații (artrite), traumatisme ca ruptura de menisc (genunchi), ruptura de labrum (sold și umăr), fracturi (la anumiți pacienți), anomalii post-traumatice ale articulațiilor (rupturi ale ligamentelor și tendoanelor), patologie post-traumatică a sportivilor (întinderi repetate).
Stabilește cu acuratețe diagnosticul de infecții (osteomielite), tumori (primare sau metastatice care interesează oasele sau articulațiile). În cazul simptomatologiei nespecifice de genul durerilor, tumefacțiilor (date de acumularea de lichid) în sau în jurul articulațiilor si al extremitatilor osoase, furnizează detalii importante care permit încadrarea diagnostică. Patologia malformativă congenitală și de dezvoltare este investigată cu rezultate de mare finețe, pacienții, inclusiv cei de vârstă pediatrică, beneficiind de genul acesta de examinare.

Ca în restul segmentelor examinate, MRI aduce informații importante în cazul patologiilor abdomino-pelvine. Dacă la nivelul abdomenului superior CT este de asemenea foarte util în diagnostic, în cazul micului bazin MRI câștigă supremația față de toate tipurile de investigații imagistice.
Beneficiază de MRI atât patologia tumorală benignă sau malignă (hepatică, a vezicii biliare, căilor biliare, panceratică, renală, suprarenaliană, a organelor din micul bazin – vezica urinară, uter, ovare, prostată vezicule seminale inclusiv pentru diferențierea dintre benign si malign), cât și patologia infecțioasă – abcese.
Sunt indicate în bolile specifice diferitelor organe: ficat – hepatomegalie, infecții hepatice (abcese, chist hidatic), tumori; pancreas (pancreatite, tumori ); rinichi – necroză tubulară acută, stenoza de arteră renală, tromboza de venă renală, hidronefroza (tumefacția rinichilor datorită blocajului la nivelul căilor urinare), rejet al transplantului, infecții urinare înalte sau joase, insuficiență renală cronică sau acută; splina- splenomegalie, patologie post-traumatică (la cazuri selecționate); adenopatii (tumefierea ganglionilor limfatici); patologie vasculară (anevrism de aortă, obstrucții de venă cavă, obstrucții de venă portă).